個(gè)體難以用肉眼觀察的一切微小生物之統(tǒng)稱(chēng)。 微生物包括細(xì)菌、真菌、致病菌、病毒和少數(shù)藻類(lèi)等。（但有些微生物是肉眼可以看見(jiàn)的，像屬于真菌的蘑菇、靈芝等。）病毒是一類(lèi)由核酸和蛋白質(zhì)等少數(shù)幾種成分組成的“非細(xì)胞生物”，但是它的生存必須依賴于活細(xì)胞。根據(jù)存在的不同環(huán)境分為空間微生物、海洋微生物等，按照細(xì)胞結(jié)構(gòu)分類(lèi)分為原核微生物和真核微生物
細(xì)菌也對(duì)人類(lèi)活動(dòng)有很大的影響。一方面，細(xì)菌是許多疾病的病原體，包括肺結(jié)核、淋病、炭疽病、梅毒、鼠疫、砂眼等疾病都是由細(xì)菌所引發(fā)。然而，人類(lèi)也時(shí)常利用細(xì)菌，例如乳酪及酸奶和酒釀的制作、部分抗生素的制造、廢水的處理等，都與細(xì)菌有關(guān)。
真菌，是一種真核生物。最常見(jiàn)的真菌是各類(lèi)蕈類(lèi)，另外真菌也包括霉菌和酵母。現(xiàn)在已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了七萬(wàn)多種真菌，估計(jì)只是所有存在的一小半。大多真菌原先被分入動(dòng)物或植物，現(xiàn)在成為自己的界，分為四門(mén)。真菌自成一門(mén)，和植物、動(dòng)物和細(xì)菌相區(qū)別。真菌和其他三種生物最大的不同之處在于，真菌的細(xì)胞有含甲殼素（又叫幾丁質(zhì)、甲殼素、殼多糖）為主要成分的細(xì)胞壁，和植物的細(xì)胞壁主要是由纖維素組成的不同。
一般所說(shuō)的致病菌指的是病原微生物中的細(xì)菌。細(xì)菌的致病性與其毒力、侵入數(shù)量及侵入門(mén)戶有關(guān)。雖然絕大多數(shù)細(xì)菌是無(wú)害甚至有益的，但是相當(dāng)大一部分可以致病。條件致病菌只在特定條件下致病，如有傷口可以允許細(xì)菌進(jìn)入血液，或者免疫力降低時(shí)。 例如，金黃色葡萄球菌和鏈球菌也是正常菌群，常可以存在于體表皮膚，鼻腔而不引起疾病，但可以潛在引起皮膚感染，肺炎（pneumonia），腦膜炎（meningitis）敗血癥（sepsis)